По словам парней из Eidos Montreal, за основу для сюжета новой игры была выбрана концовка Deus Ex: Human Revolution, в которой Дженсен взрывает станцию «Панхея» и оставляет человечество в неведении.
Вот что заявил Жан-Франсуа Дугас (Jean-Francois Dugas), разработчик игры:
Жан-Франсуа Дугас дополнил его выступление следующей цитатой:
Говоря о сюжете Deus Ex: Mankind Divided, Жан-Франсуа Дугас сделал одно очень важное заявление. Оказывается, Deus Ex: Human Revolution была во многом экспериментом и в те времена Eidos Montreal не задумывалась о том, что будет после ее выхода. Поэтому Дженсену приходилось сразу принимать сложные однозначные решения.
Говоря об иллюминатах, Дугас пояснил, что некоторые персонажи, вероятно, их мы никогда не увидим, смогут направить Дженсена в ту или иную сторону, и он не сможет этому воспротивиться. Похоже, в игре просто будут отсылки к этому занимательному псевдо-существующему ордену.