Black Mesa: Improved Xen добавляет в Black Mesa улучшенный мир Зен.

В последней версии Black Mesa: Improved Xen разработчик добавил динамические тени, улучшенное статическое освещение, солнечные лучи и отражения. Была улучшена вода на Зене, которая стала более динамичной (почти как в оригинальной Half-Life), а также были изменены текстуры и модели некоторых деталей окружающего мира с помощью фотограмметрии.

Эта версия совместима только с Steam-версией Black Mesa. Позже разработчик пообещал добавить совместимость с версией от 2012 года.