Crysis 3 возвращает игрока в Нью-Йорк, от которого спустя почти 25 лет после катастрофы остались лишь джунгли. В игре появляются некоторые персонажи из прошлых частей, а главным героем на этот раз является пророк, личность которого сохранилась в нанокостюме.
После подрыва дамбы можно будет найти полузатопленную трубу, из которой при нажатии кнопки действия появится крокодил. На него можно запрыгнуть и даже немного покататься.
На том же уровне, если пойти по левому берегу, среди прочих растений вам встретится улыбающийся гриб. Его также можно использовать, это приведет к тому что экран несколько секунд будет раскрашиваться в радужные цвета.
В разделе меню Nanosuit Showroom (демонстрация костюма) при зажатии кнопки RB (Контроллер Xbox 360) появятся два танцующих человека. На PC-версии игры для появления «плясунов» нужно в том же меню удерживать [Page down].