Tom Clancy's Splinter Cell: Pandora Tomorrow — геймплей мало отличается от 1 части серии. В игре немного улучшилось графическое оформление. Сэм получил в своё распоряжение пистолет с лазерным прицелом, который стреляет гораздо точнее, чем предыдущий аналог, плюс новые гранаты. Сэм научился открывать двери, пока тащит тело врага и свистеть. Для преодоления открытых проходов незамеченным Сэм получил возможность, называемую «поворот SWAT». Кроме этого он научился делать двойной прыжок наполовину. PS2 и NGC версии получили дополнительную сцену в джунглях (расширенный уровень завода по очистке героина). Единственным предметом, исчезнувшим из инвентаря, стал химический осветитель, на который враги реагировали некорректно.