Линк исчезает после очередной битвы с Ганоном, и принцесса Зельда отправляется на его поиски. В качестве оружия героиня использует волшебный посох, позволяющий клонировать предметы из игрового мира. По мере прохождения игрок может использовать деревянные ящики, водные блоки и многое другое, чтобы исследовать мир и решать головоломки.