Продолжение истории начинающего героя Ллойда Бэннингса. Через несколько месяцев после событий The Legend of Heroes: Trails from Zero над миром воцарилось временное спокойствие. Однако вскоре мир был нарушен из-за появления нескольких организаций со скрытыми мотивами. Судьба города-государства Кроссбелл снова в руках персонажа и его разношерстной команды союзников.