Тактическая игра, где культовые черепашки-ниндзя сражаются против злодеев в пошаговых битвах. Сплинтер и Шреддер мертвы. Игрок пытается помочь Черепашкам-ниндзя справиться с новыми смертельными угрозами и приближением взрослой жизни. В игре 20 уровней, разделенных на кампании, посвященные разным персонажам, необычная боевая система и визуальный стиль, вдохновлённый комиксами.