Инопланетной расе Нейтрино из измерения Икс снова требуется помощь: Шреддер собирается захватить всю мультивселенную, перемещаясь между измерениями. Дополнение привносит в игру новый режим, где игроки смогут исследовать другие измерения, новые скины для «черепашек» и новые композиции. Также можно сыграть за новых бойцов, включая грозного Усаги Ёдзимбо — кролика-самурая, готового сразиться со злом вместе с легендарными черепашками-ниндзя.