Игра рассказывает историю отряда «Энигма» — команды спецназа, собранной из величайших учёных со всего мира. Они объединяли свои знания для выполнения секретных заданий в борьбе против Третьего Рейха. Герои пытаются сорвать гнусные планы бывшего члена отряда Ханса Каммлера, связанные с могущественной и таинственной материей под названием Гайстштофф.
Игрок отправляется в захватывающее путешествие по разным континентам вместе с союзниками, среди которых ссыльный химик Роза Резник, медведь-оборотень Войтек и психолог-эзотерик Зигфрид фон Адельсберг. Уникальный набор способностей каждого члена команды поможет избавиться от врагов, а освоив мастерство соединения этих способностей для разрушительного воздействия, можно рассчитывать на успех операции.