Silent Hunter 3 — под командование игроку дается немецкая подводная лодка времен Второй мировой войны. В игру включены 5 тренировочных миссий, динамическая кампания и одиночные (разовые) миссии. Из главного меню доступна трехмерная энциклопедия судов и авиации того периода для различных стран. Цели одиночных и тренировочных миссий разъясняются перед их запуском. Перед каждой миссией игроку предоставляется возможность выбрать уровень реализма геймплея: уязвимость судов и кораблей противника, своей подлодки, бракованные торпеды, стабилизацию перископа и пр.