Prince of Persia: The Shadow and the Flame — действие начинается через 11 дней после завершения сюжета первой части игры. Злой визирь Джаффар выжил: его выручило знание чёрной магии. Джаффар перевоплощается в Принца, превращая самого главного героя в нищего. Принц пытается поговорить с Принцессой, однако Джаффар приказывает схватить его. Принцу ничего не остаётся, кроме как выпрыгнуть из окна и бежать из города на торговом судне. Судно терпит крушение от молнии, насланной Джаффаром. Принц видит женщину, которая просит найти её. Герой приходит в себя на таинственном острове. Пройдя в пещеру, Принц сражается со скелетами. Наконец, ему удаётся бежать на ковре-самолёте.