Last Ninja — сочетает в себе исследование мира, решение головоломок и сражения. Цель игры — провести главного героя, ниндзя Армакуни (Armakuni), во дворец злобного сёгуна Кунитоки (Kunitoki), чтобы убить его, мстя за свой клан, и получить священные свитки. По мере продвижения игрока его враги становятся всё искуснее, так как тоже изучают путь ниндзя.