События игры разворачивается в современном Токио. Сюжет начинается на знаменитом сибуйском пешеходном переходе, когда в один миг абсолютно все жители города исчезают — остаётся только главный герой по имени Акито. В этот момент район окутывает загадочный туман, который размывает грань между реальным и астральным мирами. Герою, оказавшемуся отрезанным от остального мира, предстоит изучить преобразившийся район и найти информацию об загадочном исчезновении людей, о своих родных и о Хання — виновном в случившемся, который спрятал своё лицо под маской.
Бороться с чудовищам главному герою поможет дух сурового детектива Кей-Кея, который вселился в Акито после аварии и помог ему выжить. Кей-Кей — опытный охотник за духами, который ранее уже сталкивался с Хання. Противниками Акито и Кей-Кея выступят злые сверхъестественные существа — Пришлые. Их не берут ни пули, ни клинки, поэтому сражаться с ними придётся с помощью потоков эфира, которые управляются особым жестам. Игроку будут доступны три атакующие стихии — ветер, вода и огонь. Первая похожа на пистолет — она выпускает во врагов сгустки эфира. Вторая напоминает дробовик — она отбрасывает противников, нанося им большой урон. Третья похожа на ракетницу — она наносит огромный урон всем, кто попадёт в зону поражения. Есть и четвёртая стихия — земля. Она используется для защиты.
Для открытия новых территорий Акито придётся изгонять скверну из разбросанных по городу ворот тории — именно она является источником тумана, который перенёс героя в мир духов. Исследуя город, игроки столкнутся с необычными явлениями, напоминающими японские мифы и легенды. На улицах города можно встретить бродячих духов — блуждающих душ исчезнувших в начале игры жителей Токио. Их можно будет вернуть в реальный мир — в этом герою помогут особые телефонные автомат, которые создал друг Кей-Кея. За возвращение духов персонаж сможет освоить новые умения.