Майор Сергей Нечаев возвращается на Предприятие 3826, где он попадает в подводный исследовательский центр «Нептун». Там он встретит новых противников и раскроет новое оружие — молот «Громовержец» и дробовик КЗМИ-4 «Кузьмич», и дополнительные способности перчатки вроде навыков «Загар» и «Кнут». В нелёгком деле по спасению мира майору П-3 поможет одна из Близняшек, а сюжет позволит побывать в локациях из основной игры — например, в захваченном роботами городе Челомей.