К сожалению, с большой долей вероятности, это действительно так. Есть версия, что в конце должна была быть эпичная битва с Метал Гиром при поддержке солдат, которых эвакуировали к себе на базу. Собственно, изначально в этом и был главный смысл их эвакуации. Но Конями решила, что Коджима слишком долго ковыряется, и выпустила то, что было.