Такое предупреждение указано в целях того, что есть окно выбора режима эмулятора SEGA MEGA DRIVE/ GENESIS в виде 3D детской комнаты с приставкой (Эта версия управляется полностью с геймпадов), а есть классический эмулятор — вот он и управляется с мыши и клавиатуры, до выбора игры (Вам нужно выбрать игру, если есть сохранения то выбрать его и нажать запуск) Внутри эмуляции — управление с геймпадов доступно :)
Как показывает практика есть игры помеченные как «Клавиатура и мышь», но при этом геймпад в самой игре работает безотказно (Говорю как обладатель XBOX360-ых)