Syphon Filter: Logan's Shadow — когда террористическая группа Аль-Джамиля нападает на шпионский корабль ВМС США «Маунт-Сент-Хеленс», Национальный комитет по надзору за разведкой должен положиться на Агентство, чтобы обеспечить сохранность секретных материалов в грузовом отсеке до того, как антагонисты получат их. Директор NIOC Роберт Корделл убеждает Гейба Логана, что он их единственный вариант, но Тереза Липан возражает, что это задание выходит за рамки юрисдикции Агентства. Гейб все равно соглашается пойти, чтобы получить шанс остановить лидера террористов Гассана аль-Битара, сирийца, которого он чуть не поймал год назад и с которым у него есть счеты.