Sonic Shuffle — действие происходит на 5 уровнях («Emerald Coast», «Fire Bird», «Nature Zone», «Riot Train» и «Fourth Dimension Space»), называемых досками. От игрока требуется собрать эмблемы, позволяющие пройти зону и сюжетную линию. Чтобы получить их, необходимо выполнить ряд заданий: собрать семь осколков камня Прешестоун, победить в большинстве мини-игр (всего их 43) и тому подобное. На каждом уровне присутствуют клетки с символом или картинкой. Всего в игре существует 15 типов клеток, и у каждой своё предназначение — они могут перенаправить игрока в мини-игру и на битву, заставить пройти определённое задание, помочь (например, получить бонус в виде колец) или, напротив, осложнить прохождение (телепортировать героя в самый конец доски).