Sonic & Knuckles — управляя игровым персонажем, игрок проходит разнообразные уровни, структура которых лабиринтоподобна и включает в себя множество крутых склонов и мёртвых петель, с помощью которых персонажи могут разгоняться до высокой скорости. Основными врагами в игре служат роботы — бадники, различные по внешнему виду и вооружению. Для атаки персонаж игрока сворачивается в шар — либо нападая на врага в прыжке, либо разгоняясь на месте и совершая скоростной удар в перекате, называемый spin dash. За жизненную силу персонажа отвечают золотые кольца, которые в огромном количестве разбросаны по уровням.