Rise & Fall: Civilizations at War — цель игры состоит в том, чтобы победить противника (противников), что достигается сначала микроуправлением базой, а затем обучением армии для уничтожения позиции врага. Доступны как сухопутные, так и морские юниты, что позволяет использовать различные стратегии, включая десантную войну. Как и в большинстве игр RTS, юниты сражаются методом «камень, ножницы, бумага».
Военные подразделения сгруппированы как пехота, кавалерия, специальные, осадные или военно-морские. Пехота, кавалерия и некоторые специальные отряды автоматически группируются в формирования — группы солдат, которые получают бонусы к атаке и защите — когда присутствует по крайней мере 8 таких отрядов; максимальное количество единиц, из которых может состоять формирование, — 64. Скорость, атака, защитные возможности и дальность действия отряда варьируются в зависимости от нескольких факторов; к ним относится их цивилизация; тип агрегата; приобретенные обновления; находятся ли они в строю, и если да, то его размер.