Капитан Олимар, главный герой предыдущих частей, потерпел крушение на таинственной планете во время одного из своих приключений. За ним отправился спасательный отряд пикменов, но он тоже совершил аварийную посадку. Молодой новобранец отряда пытается спасти Олимара и помочь ему вернутся домой. Пикмины — маленькие, похожие на растения, существа, которым можно отдавать команды. Персонажи разных цветов специализируются на различных действиях, например, красный не боится огня, а синий — замораживает окружение.