Ninja Gaiden Trilogy — хотя это на более мощной консоли, игры иногда страдают от замедления, неотзывчивого управления и привередливого обнаружения попаданий, а также отсутствия определенных музыкальных треков во время кат-сцен. Также была добавлена цензура в некоторых областях, включая изменение цвета крови Хакио с красного на зеленый. Часть сценария из первой игры была изменена: фраза Хакио «Аааа! Он проснулся» заменена на «Черт, он проснулся», а также несколько новых опечаток, отсутствующих в версии для NES.