Naruto: Rise of a Ninja — представлено 2 основных режима: файтинг и RPG, в котором игрок выполняет различные миссии для жителей деревни Коноха. Прохождение в режиме истории, охватывающее сюжет аниме и манги «Наруто» с начала до сюжетной арки «Вторжение в Селение Листвы», представляет собой комбинацию из этих двух режимов — сражения один на один чередуются с выполнением миссий.
Через Xbox Live можно играть в онлайне — в многопользовательском режиме, который носит название The Forest of Death. Выбирая персонажа, игрок сражается с соперниками и таким образом повышает свой ранг, поднимаясь по турнирной таблице. Целью игры является набор достаточного количества очков, чтобы пройти экзамен на звание тюнина.