Metroid Prime — шутер с видом от первого лица в жанре футуризма. Самус должна путешествовать по миру Таллона 4 в поисках 12 Артефактов Чозо, которые откроют путь к кратеру, образовавшемуся при падении Фазонового метеорита, и собирать бонусы, которые позволят ей добраться до новых областей. Вариа Костюм, например, защищает доспехи Самус от высоких температур, позволяя ей проникать в вулканические районы. Некоторые предметы можно получить после боев с боссами.