Ремастер первой Metroid Prime. Межгалактическая охотница за головами Самус Аран получает сигнал бедствия от разбитого фрегата на орбите планеты Таллон IV. Фрегат является исследовательским судном космических пиратов, где проводятся генетические эксперименты. Теперь главная героиня должна исследовать планету, чтобы положить конец угрозе.