Metal Gear Solid: The Twin Snakes — стелс-экшен с видом от третьего лица. Игрок, управляя главным героем Солидом Снейком (англ. Solid Snake), должен довести его из точки «А» в точку «Б», ориентируясь по радару, и, по возможности, не попасть на глаза врагу. Стандартные задачи сопровождаются решением загадок и поединками с боссами. Встреченные противники достаточно умны: они способны услышать шаги Снейка или самостоятельно выследить его по оставленным следам. Чтобы избежать встречи с ними, необходимо использовать игровые возможности и способности протагониста ― прислонившись к стене, можно выглянуть из-за угла и оценить ситуацию, оставаясь незамеченным; можно обойти охрану по вентиляционным шахтам; отвлечь внимание неприятеля поможет стук по стене.