Metal Gear Solid 3: Snake Eater — приключенческий стелс-экшен с видом от первого и третьего лица. Снейк, контролируемый игроком, должен незаметно пробираться через вражескую территорию. В распоряжении героя находится внушительный арсенал оружия (от пистолета до гранатомёта), однако основной упор в игре делается на скрытность и избежание столкновений с противником. В процессе выполнения миссии Снейк находит множество полезных предметов, среди которых датчики движения и «фирменная» картонная коробка, служащая Снейку укрытием.
Приблизительно две трети игрового времени игрок проводит в тропическом лесу, где ключом к успешному избеганию столкновений с противниками служит умелое использование окружающей растительности (так, например, игрок может взобраться на дерево или спрятаться от вражеского солдата в густой траве). Также особый акцент сделан на использовании камуфляжа. Радар, использовавшийся в предыдущих играх, был заменён простым датчиком движения и акустической системой, которые соответствуют временному периоду игры.