Lord of the Rings Online: Mines of Moria — действие игры разворачивается одновременно с событиями романа, начинаясь с момента ухода Фродо из Шира. Каждый из регионов Средиземья в игре находится в определенном сюжетном времени. Например, в Шире всегда сентябрь 3018 года 3 Эпохи, в Ривенделле декабрь 3018, в Лотлориэне февраль 3019. По мере выхода дополнений сюжетное время игры продвигается вперед, после выхода Угрозы Изенгарда оно примерно соответствует началу второй части книжной трилогии.
Эпический сюжет представляет собой главную линию прохождения игры и проводит игрока по всему игровому миру. Во время прохождения заданий эпоса игрок может встретиться с главными героями книги и даже сразиться плечом к плечу с ними. В процессе выполнения квестов эпической линии мир вокруг игрока изменяется, ему открываются ранее недоступные области карты, неигровые персонажи меняют своё местоположение.