События игры разворачиваются в альтернативной Японии вокруг молодого шиноби, который пытается отыскать виновного в смерти некой наследницы. По мере прохождения герой находит подсказки, решает головоломки, использует скрытность и свои навыки ниндзя, чтобы побеждать врагов или полностью избегать их. Одна из фишек игры — лимит времени на прохождение. У игроков есть 8 реальных часов, чтобы найти убийцу и завершить игру. Каждая смерть главного героя будет отнимать время.