Jagged Alliance — сюжет игры разворачивается вокруг организации A.I.M., предоставляющей услуги наёмников в горячих точках по всему миру. Позднее (во время действия JA2) двое бывших солдат A.I.M. уходят из организации и создают собственную конкурирующую компанию — M.E.R.C. A.I.M. насчитывает около 50 наемников, работающих на постоянной основе. Часть из них (например, Гас Тарболс, Тень, Иван Долвич) можно встретить в обеих играх, часть покинула организацию по разным причинам (смерть, отставка, выход на пенсию), которых заменили новые наёмники. Неотъемлемой частью JA и JA2 является экономическая составляющая, денежный поток, идущий с добычи сырья на оплату работы наёмников и ополченцев. В дополнениях же акцент перенесён на тактические битвы, а не захват и контроль стратегически важных объектов.