Dune 2000 — стратегия в реальном времени с видом сверху. Император Фредерик Коррино 4 издал указ, согласно которому Дом, который сможет произвести больше всего пряности, будет управлять своим источником — планетой Дюной, без каких-либо ограничений относительно того, как это будет достигнуто. Как и в Dune 2, существует 3 главных игровых фракции — Дом Атрейдес, Дом Харконнен и Дом Ордос. Есть также четыре неигровых фракции: Дом Коррино, фремены, наёмники и контрабандисты.
Игрок может взять под свой контроль один из 3 домов, во главе которого он и сможет бороться за контроль над пряностью на планете Арракис, или Дюне. Игрок собирает пряность для получения «солярий», валюты в игре, использующейся для производства боевых единиц. Как и в большинстве стратегий реального времени, карта игры сначала покрыта туманом войны, за исключением территорий, на которых находятся боевые единицы игрока. Поскольку единицы исследуют карту, темнота постепенно исчезает.