Deep Fighter — игрок — рядовой, который управляет подводной лодкой истребителя в силах обороны цивилизации. В основном, играя от первого лица, они должны выполнять миссии, которые открывают доступ к более мощным подводным лодкам и оружию. Помимо боя, некоторые миссии более разнообразны, например, разведение рыбы, активация защиты периметра и гонки на ведомых игрока. В игре есть восемь боссов, которые часто основаны на гигантских морских обитателях.