Darkspore — генетически мутировавшая армия, была создана Крогенитами, расой, не имеющей себе равных по интеллекту. Однако вскоре Darkspore вышла из-под контроля своих создателей. Отличительной особенностью Darkspore является наличие Е-ДНК — субстанции, способной заставлять мутировать целые планеты. Игрок — скрывающийся Крогенит беглец, которому дана миссия по сбору и усовершенствованию различных генетически мутировавших героев с разных уголков галактики с одной целью — с помощью их уникальных способностей не дать Darkspore захватить контроль над галактикой.