Blazing Angels 2: Secret Missions of WWII — игра начинается с того, что игрок берет под свой контроль капитана Робинсона (главного героя) во время авиашоу после Второй мировой войны. Выполнив несколько трюков, Робинзон начинает рассказывать о событиях своей эскадрильи. Игра сразу же возвращает нас к немецкой атаке на аэродром Королевских ВВС, от которой игрок должен защищаться. Здесь представлен первый товарищ Робинсона по эскадрилье, Тич.
Затем они летят во Францию и высаживают на поезде агента союзников Маргариту. Затем они приступают к уничтожению многочисленных наземных и воздушных подразделений, прежде чем уйти. Затем они соединяются с авианосцем, который собирается атаковать итальянский флот в Таранто. Во время атаки Робинсону удается убедить своего старого знакомого Майло присоединиться к отряду. Эскадрилья укомплектована, когда они летят в Каир и получают жокея истребителей по имени Торп.