Bionic Commando — первое истинное продолжение классической Bionic Commando 1988 года. В игре вы примерите на себя роль бионически усиленного Натана Спенсера. Время не было добрым для героя: по истечению пяти лет после героической победы над имперцами, он был предан правительством и заключен в тюрьму за преступления, которые он не совершал. Выбравшись на волю, ему предстоит расправится с предателями и докопаться до истинных причин его заточения.