AEGIS: Guardian of the Fleet — игрокам предоставляется возможность управлять этим кораблем в режиме реального времени либо с мостика, либо наблюдая за действиями корабля на радаре с помощью системы тактического сюжета. Игроки также могут командовать несколькими кораблями одновременно. Игроки могут играть в одиночные миссии или проходить полную кампанию. В игре представлены миссии на Ближнем Востоке против множества целей и с несколькими разными целями миссии.