Way of the Samurai 2 — главный действующий герой — безымянный ронин, который по сюжету попадает в городок Амахара. Здесь он встречает маленькую немую девочку, которая спасает его от голодной смерти. Игроку предстоит изучить город в течение пяти отведенных на игру дней. Игра имеет не линейный сюжет — цепь событий зависит от поступков игрока, его поведения, выбора тех или иных вариантов ответов в диалогах. В городе Амахара существует определенная расстановка сил. Существует полиция, мафия (якудза) и местные жители. Игрок может выбрать, на кого из них он предпочитает работать. Аксессуары и восстанавливающие здоровье предметы можно покупать в местных магазинах. Перемещения между локациями осуществляется по карте.