Warriors Orochi 2 — игра начинается с поражения Ороти в конце первой игры, новая земля, состоящая из воинов эпохи Троецарствия Китая и периода Воюющих царств Японии, обрела мир. Однако этому не суждено было продолжаться. Бывшие офицеры армии Ороти отделились и сформировали свои собственные армии, в то время как другие, не связанные с Ороти, также начали создавать свои собственные армии. Все это время за кулисами разворачивается зловещий заговор, чтобы возродить величайшее зло, которое когда-либо знал мир: самого Ороти.
Как и в первой игре, игра рассказывается в нескольких сюжетных линиях, которые связаны друг с другом. Каждый сюжет назван в честь трех королевств эпохи Троецарствия в Китае и одного из периода Воюющих царств в Японии. В игру добавлен еще один сюжет под названием «Орочи», который на самом деле является приквелом первой игры, рассказанной с точки зрения армии Ороти, показывающей рост его силы. Опять же, персонажи разбросаны по разным королевствам из-за сюжета, хотя они по-прежнему находятся в своих исходных королевствах на экране выбора персонажей.