Viva Piñata: Trouble in Paradise — гоночный симулятор с видом от первого лица. Помимо нескольких новых функций, Trouble in Paradise почти идентична своей предшественнице Viva Piñata 2006 года по игровому процессу: игрок выступает в роли садовника, землю которого посещают существа-пиньяты. Существа стилизованы под пиньяты, но обладают качествами животных. Типы существ включают лошадей, енотов, лисиц, лягушек и пчел, а также новые виды, такие как божьи коровки, крабы, гекконы, гориллы и стервятники.
Игрок сажает семена, ухаживает за растениями и копает пруды в пределах сада. Новые типы существ-пиньята посещают сад и в конечном итоге поселяются в саду при соблюдении определенных условий. Например, пиньяту может привлечь сад с определенным растением, типом пиньяты или количеством почвы. Игрок использует внутриигровую энциклопедию, чтобы узнать предпочтения каждого типа пиньяты, которые усложняются: продвинутым существам требуются более преобразующие изменения в саду или во многих других пиньятах, которые можно есть.
Когда несколько пиньят удовлетворены, игрок может «завязать роман» с двумя, чтобы сделать детскую пиньяту. Игрок продолжает возделывать сад и существ-пиньяту, чтобы повышать уровень опыта и открывать улучшения размера сада и садовых инструментов.