Vietcong 2 — d игре две кампании — США и Вьетнам. В первой кампании игрок принимает на себя роль капитана КОВПВ армии США Дугласа Буна, который сопровождает американского журналиста, который делает материал о праздновании традиционного местного Нового года в Хюэ во время перемирия. Вторая кампания, где игрок выступает на стороне Вьетконга, повествует о приключениях молодого новобранца армии Северного Вьетнама. Он сражается с армией Южного Вьетнама среди рисовых полей и джунглей вокруг своей деревни, по прошествии некоторого времени становясь сержантом во время мятежа в Хюэ, и штурмует Императорский дворец. Эта кампания, особенно её начало, в большей степени похожи на первую часть игры.