Tom Clancy's Ghost Recon: Shadow Wars — игровая система и интерфейс будут знакомы для игроков Advance Wars and Fire Emblem, но с некоторыми значительными изменениями. В частности, высота и покрытие играют критическую тактическую роль. Система огневой поддержки также делает боевую систему своеобразной. Выполнение заданий в миссиях дает игроку очки которые могут быть использованы для усовершенствования ранга каждого юнита. Юниты имеют определенное дерево развития, с каждым новым уровнем представляющее смесь Хит Пойнт(HP) бонусов, новых способностей и альтернативной экипировки. Игроки выбирают какие очки потратить на каждого Юнита.