Star Trek: Deep Space Nine — Dominion Wars — геймплей представляет собой смесь тактики в реальном времени и моделирования космического боя. Игра позволяет одновременно управлять 6 различными кораблями любой из четырех основных воюющих держав в Войне Доминиона — Федерации, клингонов, кардассианцев и Доминиона. Миссии включают в себя как основные, так и второстепенные цели, которые позволяют выполнять множество решений. С этой целью перед большинством миссий игрок может выбирать свои корабли, капитанов и аксессуары из диапазона доступного персонала и классов кораблей.