SimCity 3000 — претерпела большие изменения по сравнению с её непосредственной предшественницей SimCity 2000 (SC2K). «Подтянуты» как и интегральные аспекты управление городом, так и графические и ландшафтные аспекты. Эти изменения дали игре значительные отличия от SC2K.
К примеру, на протяжении всей франшизы SimCity, количество и сложность городских служб увеличилась, по сравнению с SC2K. Качество графики значительно улучшилось. Наиболее заметным изменением является добавление концепции управления отходами. В SC3K, в городе с населением больше, чем 1000, мусор начнет накапливаться и должен быть ликвидирован за счет города. Также были добавлены фермы и сельскохозяйственные постройки, появление больших промышленных зон в городе с низкой стоимостью земли и малым загрязнением. В Sim City 3000, существует три плотности зонирования, по сравнению с SC2K, в которой их было две. Электростанции имеют ограниченный срок службы. Кроме того, производительность электростанций и очистных сооружений падает к концу срока службы. В отличие от SC2K электростанции с выработанным сроком службы нужно заменять вручную.