Shonen Jump: Naruto — Ultimate Ninja 2 — все персонажи теперь могут метать в воздухе, что просто делается одинаково (назад + атака на определенном расстоянии от противника), только теперь выполняется в воздухе.
У большего количества персонажей теперь есть доступ к особым состояниям после связанных с ними Секретных навыков / техник, в то время как у других вместо этого есть мгновенное особое состояние, выполняемое простым выполнением своего Секретного навыка без какого-либо начального удара и / или кинематографии (например, Кабуто, Шизуне и Тайдзюцу Наруто). Все секретные навыки во время этих состояний отключены.