Pokemon Super Mystery Dungeon — как и его предшественница, Super Mystery Dungeon представляет собой мошенническую ролевую игру с прохождением по подземельям с трехмерными персонажами и окружающей средой. Игроки берут на себя роль одного из 20 покемонов (включая всех 18 начальных покемонов из всех шести поколений основной серии, а также Пикачу и Риолу ), к которому присоединяется партнер, выбранный из оставшихся 19 покемонов, которые сопровождают их в их путешествии по процедурно сгенерированным подземельям, заполненным врагами и ловушками, поскольку они помогают остановить крупный кризис и спасти мир покемонов. В игре представлены все 720 выпущенных покемонов на момент выпуска.