Pokemon Shuffle — представляет собой игру-головоломку, в которой игроки сражаются с различными покемонами, сопоставляя трех или более одинаковых покемонов из регионов Канто, Джохто, Хоэнн, Синно, Унова, Калос и Алола в нижней части экрана. Игроки достигают этого, меняя местами покемонов в нижней части экрана. Игроки могут взять с собой до четырех покемонов поддержки, некоторые из которых могут нанести дополнительный урон в зависимости от их типа (например, сопоставление покемонов водного типа наносит дополнительный урон противникам, основанным на огне). Игроки проходят каждый этап, побеждая противостоящих покемонов за определенное количество ходов, после чего игрок получает внутриигровые монеты, а его покемоны получают опыт. После прохождения этапа у игроков будет шанс поймать покемона; чем быстрее игрок побеждает покемона, тем выше вероятность его поймать.