Phoenix Wright: Ace Attorney — Trials and Tribulations — игра состоит из 5 эпизодов, которые происходят в хронологическом порядке. Действие четвертого дела, Истоки поворота, происходит первым, за ним через год во вселенной следуют Поворот в воспоминаниях, а остальные дела происходят через 5 лет после этого.
С самого начала для воспроизведения доступен только 1 эпизод; когда игрок завершает эпизод, открывается новый. Эпизоды разделены на главы, которые состоят из расследований и судебных заседаний. Во время расследований игрок стремится найти улики для использования в зале суда; игра переходит к следующей главе эпизода, когда игрок соберет достаточно улик. Игрок перемещается и выполняет действия через меню с четырьмя параметрами: «исследовать», что позволяет ему перемещать курсор по окружающей среде и исследовать предметы; «переместить», которое показывает меню с местами, в которые игрок может переместиться; разговор, который показывает список тем, которые игрок может обсудить со свидетелями в этом районе; и настоящее, что позволяет игроку показывать доказательства или профили персонажей свидетелю.