Naruto: Clash of Ninja — игрок получает в своё распоряжение одного из нескольких персонажей, играющих собственную роль в сюжете манги и аниме «Наруто». Далее, как и в других играх-файтингах, в Clash of Ninja следует битва с другим персонажем, управляемым искусственным интеллектом или другим игроком в зависимости от выбранного режима. Основная цель — уменьшить количество здоровья противника до нуля с помощью набора базовых техник и специальных атак, уникальных для каждого отдельного персонажа. Эти супер-атаки базируется на приёмах, используемых персонажами первоисточника (манги и аниме).