Naruto: Clash of Ninja 2 — предлагает несколько различных игровых режимов, таких как аркадный режим, режим VS и режим истории. Вы можете разблокировать новые функции, такие как новые персонажи, этапы и режимы, выполняя определенные задачи в игре. После выполнения предмет появится в магазине Анко, и игрок сможет купить его на деньги, заработанные в боях. Список также заметно более обновлен от Clash of Ninja, где его более заметно хвалят.
Игра следует сюжету сериала в режиме истории, начиная с выпуска Наруто из Академии и заканчивая Экзаменами на Чуунина. Есть также несколько боев, которые можно приобрести у Анко, в которых подробно рассказывается о вещах, не полностью объясненных в сериале.