Modern Combat 2: Black Pegasus — геймплей этой части мало чем отличается от предшественника и так же копирует геймплей игр Call of Duty 4: Modern Warfare и Call of Duty: Modern Warfare 2. Для управления, игроку доступны три персонажа: член отряда «Дельта» — лейтенант Уорренс (главный герой первой части), член отряда «Бритва» — сержант Андерсон и член отряда «Мустанг» — рядовой Ньюман
Управление игры осуществляется с использованием виртуальных кнопок и виртуальных стиков на сенсорном экране, а также с использованием гироскопа. Кроме возможностей из первой части (приседания, использование прицела, стрельба и броски гранат), добавились такие функции, как подбор оружия у убитых врагов, пересечение препятствий и функция ближнего боя.